L'article 2 du décret n° 89-825 du 9 novembre 1989 prévoit que l'ISSR est due aux intéressés à partir de toute nouvelle affectation en remplacement, à un poste situé en dehors de leur école ou de leur établissement de rattachement. Toutefois, l'affectation des intéressés au remplacement continu d'un même fonctionnaire pour toute la durée d'une année scolaire n'ouvre pas droit au versement de l'indemnité. Celle-ci présente un caractère journalier et est attribuée jusqu'au terme de chaque remplacement assuré. Ces conditions de versement de l'ISSR ont néanmoins fait l'objet de nombreuses interprétations tout au long des années 1990. En effet, au-delà des strictes dispositions du décret du 9 novembre 1989, le bénéfice de l'ISSR a été étendu par notes de service aux enseignants ayant la qualité de titulaire-remplaçant pour tous les jours de la semaine s'inscrivant dans un remplacement et pour le jour suivant immédiatement celui-ci, y compris les mercredis, dimanches et jours fériés. De même, l'ISSR a également été (versée à des enseignants du premier degré affectés, pour toute la durée de l'année scolaire, sur des postes fractionnés entre plusieurs écoles, en dehors même du statut de remplaçant. Dans le cadre de l'effort de maîtrise des dépenses publiques, un retour à une lecture plus stricte du décret de 1989 a paru souhaitable, ce qui a été confirmé par la jurisprudence administrative récente. C'est pourquoi, depuis la rentrée 2006-2007, le caractère journalier de l'ISSR a été réaffirmé : la constatation et la rétribution des sujétions de remplacement doivent s'effectuer sur la base des seuls jours effectifs de remplacement ; a contrario, il n'y a pas lieu de verser des indemnités au titre des jours lors desquels aucun remplacement, ni aucun déplacement, ne sont effectués. Cette analyse a été confirmée à plusieurs reprises par la jurisprudence administrative (jugements du tribunal administratif d'Orléans du 23 février 2006, de la cour administrative d'appel de Marseille du 12 avril 2006 et du tribunal administratif de Poitiers du 28 juin 2006). Ainsi, lorsque cela est nécessaire, les services académiques ont engagé des procédures pour faire cesser les versements d'ISSR non liés à des jours effectifs de remplacement. En revanche, l'ISSR continue, naturellement, d'être attribuée pour chaque jour de remplacement effectivement assuré par les intéressés. En tout état de cause, l'ISSR permet toujours de compenser tant les sujétions pédagogiques liées au remplacement que les frais de déplacement engagés par les titulaires remplaçants.